Проиворечия, существовавшие между Грецией и СССР, были ослаблены с концом «холодной войны» и вхождением русской церкви в состав Всемирного Совета церквей (в 1961 г.). Правительство Греции в 1965 году предоставило греческое гражданство (наличие которого являлось обязательным условием для подвижничества на Афоне) пяти советским монахам и разрешило им приехать на Святую Гору. Из этих пятерых монахов у двоих не получилось приехать на Афон из-за плохого состояния здоровья, еще один попросил у Запада политического убежища. Двое оставшихся монахов после такого поворота дела смогли получить разрешение советских властей на выезд только в 1970 г. Это были монах Виссарион и архимандрит Авель, который со временем не только смог добиться доверия и уважения греческой монашеской братии (что было довольно не просто для того времени), но в 1975 году даже стал игуменом Свято-Пантелеймонова монастыря.

Произошедшие с СССР изменения оказали благотворное влияние на состояние русской обители. Численность русских монахов в ней возросла и сейчас составляет порядка 40 человек (из 2000 монахов на Афоне). В последние несколько лет проводится капитальный ремонт полуразрушенных зданий и сооружений монастыря. Реставрационные работы в Свято-Пантелеймоновом монастыре проводит группа реставраторов, прибывших из Санкт-Петербурга, Владимира и Киева. З значительные средства на это выделены греческим правительством и российскими благотворителями.