Отец-настоятель монастыря Богоматери Махераса Порфентий, занявший этот пост в 1720 году, обладал экстрасенсорными способностями. Используя их на благо монастыря, Порфений смог не только восстановить монастырь, но и добавил к нему много новых служб, виноградников, земель. К 1760 году эта обитель обладала всеми привилегиями монастыря.

После кончины Порфения в 1766 году отцом-настоятелем монастыря стал Иоанн Никий II, продолживший обустройство самой обители и принадлежащих ей территорий. Но следует отметить, что дела монастыря шли не очень хорошо. В 1796 году, когда приемником Иоанна стал Герман, монастырский долг составлял 48 тысяч грошей. Герман приложил большие усилия по погашению долга монастыря, которые увенчались немалым успехом – на момент его кончины сумма задолженности сократилась до 15 тысяч грошей. Большое внимание благоустройству монастыря и его развитию уделяли все отцы-настоятели, занимавшие этот пост вплоть до сентября 1892 года, когда произошедший на монастырском свечном складе пожар снова не сжег монастырь Махераса. Спасти удалось только главное его сокровище - икону.

В 1990 году отцом-настоятелем стал Митрофан. После того, как в 1937 году он ушел с этого поста, должность оставалась свободной вплоть до 1948 года, что было обусловлено введенными британскими властями законами из-за беспорядков 1931 года. Обязанности отца-настоятеля выполнял архимандрит монастыря Григорий. В 1948 году он сложил эти полномочия и его место занял Ириний. В 1960 году он был смещен Священным Сенатом. Сменивший его Ирпидий выполнял эти обязанности до 1964 года. Решением Святейшего Сенода отцом-настоятелем монастыря поле него был назначен Архимандрит Дионисий, а в 1987 году - Архимандрит Харитон.

Большинство отцов-настоятелей принимало участие в работе по переписке книг Эклизиаста, которая велась в монастыре с 17-го века.