В начале XVIII в. усилились противоречия между Турцией и Россией, что имело отрицательные последствия для русского монастыря Святого Пантелеймона на Афоне. Турецкие власти разными способами начали препятствовать русским монахам в доступе на Святую Гору. Это привело к упадку русского монастыря. Василий Барский, известный российский монах-путешественник, посетивший Свято-Пантелеймонов монастырь в 1744 году, заметил, что «... у монастыря лишь название русское, а подвизаются в обители греческие, сербские, болгарские иноки». Кроме того, Барский упоминает, что «монастырь сильно бедствует, очень разрушен, придерживается идиоритмического устройства».

Русский монатырь был спасен от полного разрушения молдавским господарем Иоанном Каллимахом, который передал ему одну из своих часовен - Богдан-серай и монастырь Иоанна Предтечи. Именно благодаря помощи Иоанна Каллимаха, в русской обители начинаются восстановительные работы, которые в дальнейшем продолжил его преемник Скарлат Каллимах. Ремонт в монастыре проводился вплоть до начала национально-освободительной революции в Греции в 1821 году. Помощь членов этой греческой семьи, родом из квартала Фанар в Константинополе, была настолько значительной и весомой, что Вселенский Патриарх Каллиник принял решение и своим специальным указом (от 1806 года) переименовал русский монастырь Святого Пантелеимона в монастырь Каллимахов – Каллимахидон.

Всему этому предшествовал переход русской братии из монастыря «Фессалоникийца» в другой (третий) центр, расположенный в прибрежной зоне, там где в наше время и расположен нынешний Свято-Пантелеймонов монастырь.

По поводу второго центра русской обители («Фессалоникийца») следует отметить, что она была названа «Старый Руссик» и в дальнейшем стала зависимой от Свято-Пантелеймонова монастыря.