После окончания греческой революции 1821 года русский Свято-Пантелеймонов монастырь (как и другие на Афоне) смог сохранить относительную самостоятельность, хотя турки и обложили его налогами. Следует отметить, что Святая Гора ежегодно вносила в турецкую казну порядка 800 турецких лир. Эту подать распределяли между всеми монастырями в соответствии с численностью их братства.

В это время настоятелем монастыря был назначен грек из Драмы по имени Герасим, кандидатура которого была указана игуменом Саввой еще при жизни. За время его игуменства монастырь претерпел большие изменения. После практически столетнего перерыва здесь появились русские монахи.

Первые из них прибыли в обитель в 1835 году. Были среди них и видные люди России тех времен, например, князь Ширинский-Шихматов, названный после пострижения иеромонахом Аникитой. Он много помогал для благоустройства русского монастыря, выделив для этих целей значительную часть из своего большого состояния.

Более всего приток русских монахов усилился в 1840 году. Прибытию их сюда содействовала как русская церковь, так и вся российская государственная машина. В этот период русский монастырь посещают представители царского двора: великий князь Константин Николаевич (1845 г.), великий князь Алексей Александрович (1869 г.), великий князь Константин Константинович и великая княжна Александра Петровна (1881 г.).

В 1850 году количество русских монахов становится равным численности греческих, а затем стремительно начинает расти и вскоре значительно превосходит ее. Из-за этого факта между русскими и греческими монахами возникли некоторые трения, так как последние не без основания боялись полного превосходства росиян на Святой Горе. К началу ХХ века на Афоне подвизалось 5000 русских монахов (из которых более 2000 — в русской обители) при общей численности общины в 10000 человек.