Во времена турецкого владычества русский монастырь был подвержен серьезным испытаниям, были периоды, когда обитель становилась полностью заброшенной. Так в 1574-84 годах монахи были вынуждены уйти из монастыря и помощь в 500 рублей, которая была послана Иваном Грозным, не дошла до получателя. После этого великий русский князь решил взять на себя заботу, как о Свято-Пантелеймоновом монастыре, так и обо всех остальных афонских обителях.

о, несмотря ни на что, ситуация в последующие годы к лучшему не изменилась. Вселенский патриарх Кирилл I Лукарис в своем письме, датируемом 1620 годом, отмечал, что монастырь пребывает в тяжелом положении, его долги растут, из-за чего монахов начали сажать в тюрьму. Окружающие монастырь стены и церковь разрушены. Святые отцы лишены всего, даже самого необходимого. Это все вынудило Священный Кинот взять русскую обитель под свою опеку.

Изменения к лучшему начинают намечаться только в 1708 году, после того как валашским господарем Михаилом Роговичем русскому монастырю была передана обитель Нтошаны, расположенная в Валахии. Но совсем скоро, уже в 1730 году, монастырь Нтошаны захватили турки и превратили его церковь в минарет.