В греческой истории одним из самых трагических был 1922 год. Война с Турцией, неудачно закончилась для греков (в основном, благодаря помощи советского правительства турецкой стороне) и привела к так называемой «малоазиатской катастрофе». Особенно тяжелым стало послевоенное положение Греции, которое осложнялось еще и заботой о полутора миллионах греков-беженцев из Турции. Монастыри Афона в этот период оказывали посильную помощь государству в решении стоящих перед ним проблем. Свято-Пантелеймонов русский монастырь тоже активно включился в эту деятельность. Его огромная территория была отдана под военный госпиталь, в котором проходили лечение более тысячи греческих солдат.

Лесной пожар, случившийся летом 1927 года, нанес значительный ущерб монастырю «Св. Пантелеимона». Этот пожар начался в соседнем лесу Хиландарского владения, а затем перекинулся на лес Свято-Пантелеймонова монастыря. И без того бедствующий монастырь по ценам того времени понес убытки в размере 3 млн драхм. Плачевное состояние монастыря было окончательно завершено еще одним сильным пожаром в 1968 году, который нанес уже непоправимый ущерб русской обители.

На то время русская православная церковь тоже находилась в довольно сложном положении, поэтому была не в силах оказать помощь своему монастырю. И только в 1948 году патриарх Алексий, во время празднования 500-летнего юбилея провозглашения Патриаршества на Руси, смог наладить контакты с греческой церковью, представители которой были приглашены на торжества. В первую очередь, русский патриарх пытался решить вопрос по поводу получения русским монахам разрешения прибывать на Афон.

Однако гражданская война (1946-49 гг.) в Греции и откровенно недружественные отношения СССР и Греции не оставили никаких шансов на решение этого крайне важного для Свято-Пантелеймонова монастыря вопроса.